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Hacia una enciclopedia de genomas de bacterias: más de 1000 genomas ya secuenciados
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Fecha de Publicación: 25-1-2010
Fuente: A phylogeny-driven genomic encyclopaedia of Bacteria and Archaea., Nature
En la tabla se muestran los genomas de bacterias y archaeas que se han escogido para iniciar el proyecto GEBA con esta experiencia piloto.
Ya existen más de 1000 genomas de bacterias secuenciados. Esto ha revolucionado por completo el conocimiento sobre los microorganismos. En relación a la medicina ha supuesto un gran impacto en cuanto al conocimiento de los mecanismos de patogenicidad y por tanto en la creación de nuevos tratamientos contra enfermedades infecciosas. En este momento parece fundamental seleccionar los nuevos genomas a secuenciar de forma que se cubran todas las ramas filogenéticas de los distintos grupos taxonómicos de bacterias y archaeas. Existe un proyecto llamado GEBA (Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea) para el que se ha iniciado un proyecto piloto en el que se van a secuenciar 100 genomas seleccionados únicamente por su novedad desde el punto de vista filogenético. Los institutos JGI (DOE Joint Genome Institute) y DSMZ (German Collection of Microorganisms and Cell Cultures) se han puesto de acuerdo para secuenciar 100 genomas según la posición filogenética que ocupan en el árbol taxonómico. Esta posición se define analizando su ARN ribosómico. Además el JGI está construyendo herramientas para que los pregraduados participen en la anotación manual de estos genomas. El proyecto GEBA aportará genomas de referencia para todos los grupos de bacterias, lo que supondrá secuenciar alrededor de 5000 genomas. El alcance de este proyecto está dentro de las capacidades de secuenciación de estos institutos pero exige un control de calidad en muchos puntos tanto antes de la secuenciación como en la fase de anotación de las secuencias. El proyecto piloto dará las claves sobre los puntos más importantes a cuidar y los sistemas de control a generar.