Medmol  
Fibao Una perspectiva molecular en medicina
TECNICAS
ChipSeq
Tratamiento
Etiopatogenia
Bookmark and Share
Fecha de Publicación: 9-10-2007 Última actualización : 9-10-2007
Resumen
La técnica ChipSeq permite identificar los sitios del ADN a los que se une un factor de transcripción para regular la expresión de un conjunto de genes relacionados con una función o proceso. La técnica ChipSeq combina la inmunoprecipitación de cromatina con secuenciación en paralelo a gran escala.
Concepto
En esta animación se describe la técnica ChipSeq que combina la inmnoprecipitación de cromatina con la secuenciación en paralelo a gran esacla utilizando la tecnología Solexa.
La técnica conocida como ChipSeq permite la identificación de sitios a los que se une un factor de transcripción en el ADN. El descubrimiento de estos sitios de unión es de gran importancia médica si se trata de proteínas de interés biológico o terapéutico. En cada estado celular existe un conjunto específico de factores de transcripción unidos al ADN para regular la expresión génica y adaptarla a ese estado funcional. La técnica ChipSeq combina la inmunoprecipitación de cromatina con secuenciación en paralelo a gran escala. En la técnica ChipSeq en un primer paso se provoca la asociación covalente al ADN de las proteínas que ya están unidas al ADN por uniones no covalentes mediante tratamiento con formaldehido u otro compuesto químico. Posteriormente se fracciona la molécula de ADN con ultrasonidos. A continuación se emplea un anticuerpo específico para la proteína de interés que permite obtener, por inmunoprecipitación, los complejos proteína-anticuerpo unidos al ADN. Este ADN es liberado del complejo y secuenciado de forma masiva y rápida por la tecnología Solexa, que permite la lectura de moléculas cortas de ADN. Comparando las secuencias de los fragmentos de ADN a los que estaba unida la proteína, se puede determinar cuál es el “motif” de la secuencia diana reconocida. Esta información puede ser muy útil en el diseño de nuevos fármacos y en el estudio de enfermedades en las que la alteración de las redes transcripcionales juega un papel clave como pueden ser el cáncer o los procesos autoinmunes.